Zarząd Fundacji uchwałą nr IV/7/2012 z dnia 8 marca 2012 roku określił Tryb załatwiania spraw i wniosków w Fundacji PCJ Otwarte Źródła. Instrukcja określa sposób załatwiania spraw i wniosków w Fundacji PCJ Otwarte Źródła: przedkładania, nadawania biegu, obiegu dokumentów oraz podejmowania decyzji i wystąpień zewnętrznych.